A Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação (SCTI) tem o papel de formular, implantar e coordenar a execução de políticas públicas voltadas à promoção da pesquisa e da inovação tecnológica, bem como ao Ensino Superior. Atua, também, por meio do Centro Paula Souza, na oferta de Ensino Técnico, Tecnológico, Médio e Profissionalizante.
A Secretaria conta com as seguintes entidades vinculadas: Universidade de São Paulo (USP), Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (Unesp), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp), Fundação Universidade Virtual do Estado de São Paulo (Univesp), Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo S.A. (IPT), Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza (CPS), Faculdade de Medicina de Marília (Famema), a Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (Famerp), e Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN).
