O CPS oferece Pós-Graduação na modalidade profissional destinada à formação de pesquisadores e profissionais altamente qualificados para o setor produtivo. Existem dois programas (stricto sensu): Gestão e Tecnologia em Sistemas Produtivos, e Gestão e Desenvolvimento da Educação Profissional. Os dois cursos foram recomendados com nota 4 pela Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).
No campo da especialização, o programa de Pós-Graduação em Sistemas Produtivos (latu sensu ) dispõe de quatro cursos de MBA: Gestão de Projetos e Processos, Engenharia e Negócios, Gestão de Design e Tecnologia e Inovação.
Em 2024, a Capes aprovou a criação do doutorado em Educação Profissional e Tecnológica (EPT) do Centro Paula Souza.